环境科学与工程是武汉工程大学的优势学科，也是湖北省重点学科。自2003年获得硕士学位授予权，2006年获省级重点学科，2008年获湖北省特色学科，环境工程专业2007年获省属高校环境类第一个省级品牌专业，2020年获湖北省一流本科专业建设点，同年被评为湖北省特色优势学科群主干学科。2022年获国家一流专业建设点，2023年通过工程教育认证。

此外，环境科学与工程学位授权点拥有国家级环境与化工清洁生产实验教学示范中心、绿色化工过程教育部重点实验室、湖北省三峡实验室等8个省部级以上教学和科研平台，实验教学与科研工作总面积5000余平方米，仪器设备总值3000余万元，为研究生学习、科研和工程实践能力培养提供必要支撑。